Con la fioritura della scolastica si affacciano due nuovi movimenti culturali facenti capo rispettivamente a due neonati ordini religiosi: domenicani e francescani.
Questi due ordini mendicanti sorsero come risposta da un lato al crescente sorgere delle eresie e dall'altro come sottesa critica al progressivo allontanamento della Chiesa dall'originario ideale di povertà. L'Ordine domenicano fu fondato da Domenico di Guzman (1170-1221), l'Ordine francescano fu fondato da Francesco d'Assisi (1182-1226).
L'Ordine domenicano aveva come obiettivo ridare fiducia ai credenti, esso si articolò fin da subito in una solida organizzazione, quest'ultima avrebbe avuto il compito prioritario di combattere gli eretici facendo appello alla ragionehttps://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn%3AANd9GcTVf3GTAs1arzjoUKTyWzLf4d2cgrx2DVjKlFg9XL-epVTSa_NJ. Questa scelta fece dei domenicani un ordine di predicatori agguerriti, ma anche estremamente preparati e dotti; fu per questo che la chiesa affidò l'inquisizione a questo ordine che progressivamente penetrò nel mondo delle Università e delle Scuole medievali acquistando sempre più potere ed influenza diventando egemone e costruendo di fatto la filosofia dominante nel mondo ecclesiastico.
L'Ordine francescano, che per certi aspetti risulta opposto a quello domenicano, si fondava invece sull’idea di fratellanza quindi riduceva al minimo ogni forma di gerarchia all'interno del proprio ordinehttps://1.bp.blogspot.com/-WRv7nPNbmSc/UPSHYo8QIWI/AAAAAAAAG44/L_0qchDELZo/w1200-h630-p-k-no-nu/pala[1].png; invece di contrastare le eresie attraverso dispute e argomentazioni razionali scelse la via della mistica e della spiritualità l'unica capace di cogliere la profondità della fede. Tuttavia all'interno dell'ordine Francescano si sviluppò anche un’attentissima riflessione filosofica e scientifica, che proprio perché più autonoma rispetto alle questioni di fede, si pose all'avanguardia in tantissimi ambiti, benché vada rilevato rimase minoritaria all'interno delle università e tra le gerarchie ecclesiastiche.
Sul piano più prettamente filosofico mentre dominicani aderirono sempre più alle tesi elaborate da Alberto Magno è da Tommaso d'Aquino che avevano costruito una teologia a partire da un aristotelismohttps://it.zenit.org/wp-content/uploads/2016/01/WIKI-Aristotle_Altemps_Inv8575.jpg, contaminato con alcuni elementi del neoplatonismo agostiniano, i Francescani rimasero legati alla filosofia agostiniana https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/97/Platonici.PNG/290px-Platonici.PNG inspirandosi a Giovanni Fidanza ovvero Bonaventura da Bagnoregio (1221-1274). Pertanto mentre i primi difendevano la filosofia aristotelica come strumento per consolidare la teologia, i secondi la criticavano.
Parte della disputa tra francescani e domenicani si dispiegherà proprio sulla diversa reazione di fronte al pensiero di Aristotele. Nel corso del XII secolo grazie ai contatti con la cultura Bizantina è quella Araba erano rientrate, nell'occidente cristiano, gran parte delle opere aristoteliche in particolare gli scritti di Fisica, di Metafisica e l'Organon.
Gran parte del problema sull'insegnamento della dottrina aristotelica risiedeva nel fatto che essa era stata tradotta in latino a partire dai commentari di Averroèhttps://www.dinamopress.it/wp-content/uploads/2019/07/Andrea_di_bonaiuto_apotesosi_di_san_tommaso_daquino_11_averroè1-1114x557.jpg, che, oltre alla mortalità dell’anima individuale, sembrava affermare la tesi della doppia verità elevando la filosofia al di sopra della fede.
Da ciò erano nate le condanne verso l'insegnamento dell'aristotelismo nel 1210, da cui però fu poi escluso l'Organon non nel 1215. Ancora nel 1231 Gregorio IX confermò la condanna dell’insegnamento di Aristotele fino a quando le sue opere non fossero state corrette ed è spurgate dall'interpretazione di Averroè.
Tuttavia malgrado le proibizioni l'aristotelismo continuava a diffondersi e i domenicani scelsero non di contrastarlo, ma di conciliarlo con il pensiero Cristiano. La conseguenza di tale scelta fu che i domenicani s’impegnarono a combattere su due fronti opposti da un lato gli aristotelici puri cioè gli averroisti latini, come Boezio di Dacia (1240-1284) e Sigieri di Brabante (1235-1284) e dall'altro gli anti-aristotelici, tra cui i francescani.
In un primo momento sembrò prevalere la linea francescana che condannava ogni forma di aristotelismo, su quella domenicana. L'inconciliabilità dell'aristotelismo con il cristianesimo era portato avanti dai francescani non solo per l'opposizione all'ordine domenicano, ma anche perché la filosofia dello stagirita si presentava come una verità assoluta e quindi sembrava non ammettere compromessi con un altro sistema di verità altrettanto assoluto come il cristianesimo. In particolare l'inconciliabilità era dovuta all'ispirazione esclusivamente razionale della dottrina aristotelica, dove non vi sono temi di carattere spirituale e religioso, come invece in quella platonica. In Aristotele non vi era nessun accenno alla dottrina della salvezza, il primo motore immobile sembrava una causa esclusivamente meccanica dei fenomeni naturali, l'analisi dell'uomo era condotta prevalentemente in vista della sua vita in questo mondo. Nel 1270 i francescani ottennero la condanna di diverse tesi aristoteliche https://0.academia-photos.com/attachment_thumbnails/45871724/mini_magick20180818-24174-ipxl9a.png?1534632393 e nel 1277 convinsero il vescovo di Parigi a condannarne altre 216 tra cui alcune elaborate proprio da Tommaso d'Aquino. Ancora nel 1288 si aggiungeranno altre condanne da parte dell'arcivescovo di Canterbury.
Nel frattempo però l'opera dei domenicani stava iniziando ad avere i suoi effetti, e l'aristotelismo iniziava a fare breccia nelle istituzioni ecclesiastiche. Va anche sottolineato che proprio per la specificità dell'ordine i domenicani progressivamente avevano assunto ruoli chiave nell'inquisizione e potevano pertanto far valere le loro idee da una posizione di forza. I domenicani compresero che solo l'aristotelismo poteva offrire una dottrina scientifica del mondo naturale così come richiesto dal nascente sviluppo della nuova civiltà comunale, https://www.akg-images.fr/Docs/AKG/Media/TR3_WATERMARKED/e/4/2/1/AKG302202.jpg permettendo così alla Chiesa di non rimanere ai margini del realtà civile e di poter diversamente continuare il suo ruolo di guida anche nei nuovi processi di cambiamento della società europea.